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长链非编码RNA的保守性及其在非模式生物长链非编码RNA筛选中的应用

【作者】 姜贵先 [1] 罗溪 [2] 张露露 [3] 刘青 [3] 肖良 [4]

【关键词】 长链非编码RNA 保守性 非模式

【摘要】长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)的保守性表现在一级结构、空间结构、转录位置、剪接模式及组织分布等方面,是目前lncRNA研究的热点和难点.不断深入的lncRNA保守性研究可应用于参考基因组相对匮乏的非模式生物lncRNA的筛选过程,并且极大地提升了非模式生物lncRNA数据库建立的完整性和准确性.借助针对开放阅读框长度、密码子分布与出现频率、功能性结构域等保守信息开发而来的lncRNA筛选工具或流程如CPC、PLAR(pipeline for lncRNA annotation from RNA-seq data)等,已成为目前非模式生物lncRNA的筛选及其参考数据库构建的新策略.本文就lncRNA的保守性及其在非模式生物lncRNA筛选中的应用作一综述,并简要介绍了一种运用其保守性的筛选方法——PLAR.

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        出版单位：《第二军医大学学报》编辑部
        单位地址：上海市杨浦区翔殷路800号第二军医大学学报编辑部
        邮编：200433