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基于系统生物学整合技术挖掘结直肠癌形成中的核心通路和

【作者】 苗华 [1] ; 曹付傲 [2] ; 赵权权 [2] ; 缪宗原 [1] ; 叶淳 [1] ; 徐小雯 [2] ; 王汉涛 [2]

【关键词】 结直肠肿瘤 核心通路 驱动

摘要】目的探索结直肠癌(colorectal carcinoma,CRC)形成中的核心通路和关键基因。方法利用meta分析技术从以往5项CRC发生相关转录组学研究中筛选癌及癌旁差异表达基因。采用ComBat方法合并5项研究的癌组织基因表达谱数据,针对上述差异表达基因用PCIT软件进行共表达网络构建。利用CFinder软件揭示该共表达网络中存在的核心亚网络,并用Gather软件确定主要核心亚网络所富集的生物学功能。以重要核心亚网络(或通路)为重点,联合节点基因在CRC中的表达变化方向和相应染色体区域扩增或缺失的信息,发现亚网络功能形成中的候选驱动基因。结果 Meta分析转录组学研究共发现差异表达基因2 073个,其中在5项研究的癌组织中一致上调1 174个,一致下调899个,这些基因在CRC样本中形成的共表达网络包括798个基因节点和1 462条边,存在22个核心亚网络。最大的核心亚网络由77个基因和436条边组成,功能涉及细胞周期和增殖信号调控,UBE2C、MYBL2、FAM83 D、AURKA、TPX2等11个基因被预测为该信号功能的驱动基因。结论细胞周期和增殖信号通路是结直肠癌发生中的核心通路,UBE2C和AURKA等11个基因是该核心通路的驱动基因。

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        出版单位:《第二军医大学学报》编辑部
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        邮编:200433